Beliau meninggal dunia pada 2 Mac 1997 setelah terlibat dalam kemalangan helikopter peribadi yang dinaiki bersama isterinya Rohana Othman yang meletup dan terhempas di Kampung Jeransang, Sungai Tamar, Kuala Lipis, Pahang.[3] Ketika itu mereka dalam perjalanan pulang ke Kuala Terengganu, menziarahi ibu Mandak Omar di Marang.[4]

Helikopter jenis Agusta A109E pada ketinggian 2,900m terhempas di kebun berhampiran dengan kawasan perumahan di Kampung Atong, Jerangsang kira-kira 40 km dari Kuala Lipis. Juruterbang Mejar (B) Azlizan Abdul Manas (32 tahun) dari Batu Pahat, Johor turut terbunuh. Helikopter tersebut milik syarikat Gadek Aviation Helicopter Sdn. Bhd., salah sebuah anak syarikat DRB-HICOM. Enjinnya berhadapan dengan masalah selepas 30 minit penerbangan dari Helipad Segambut, Kuala Lumpur.[5]

Jenazah Yahaya dan isteri, Rohana dibawa pulang ke Terengganu pada 4 Mac 1997 dan dikebumikan di Tanah Perkuburan Islam di Marang. Dua anak mereka yang belajar di UK segera pulang ke rumah di Kelana Jaya.